被子植物与裸子植物的根本区别是种子外面有无果皮包被着（即种子是否裸露），裸子植物的种子外面无果皮包被着，种子裸露，仅仅被一鳞片覆盖起来．被子植物的种子外面有果皮包被着，种子包上果皮构成果实

1、裸子植物的表面是裸露的，没有果皮包被，例如银杉、水杉等，而被子植物是有果皮包被的，例如我们常吃的苹果、水蜜桃等。

2、被子植物在形态上具有不同于裸子植物所具有的孢子叶球的花；胚珠被包藏于闭合的子房内，由子房发育成果实。

3、被子植物的种子生在果实里面，除了当果实成熟后裂开时，它的种子是不外露的，如苹果、大豆即被子植物。裸子植物则不同，它没有果实这一构造。它的种子仅仅被一鳞片覆盖起来，决不会把种子紧密地包被起来。在马尾松的枝条上，会结出许多红棕色尖卵形的松球。

4、被子植物的主要特征是：具有根、茎、叶、花、果实、种子六种器官，种子不裸露，外面有果皮包被；裸子植物的主要特征是：具有发达的根、茎、叶，种子裸露，没有果皮包被，裸子植物没有花、果实这两个器官。

5、裸子植物除少数类群外，均具有双黄酮类化合物，常见的有穗花杉双黄酮、西阿多黄素、银杏黄素、枯黄素、榧黄素等。黄酮类化合物则普遍存在，常见的有懈皮素、山奈酚和杨梅树皮素等。而人类的大部分食物和营养来源于被子植物，不是直接地通过农作物或园艺作物如谷类、豆类、薯类、瓜果和蔬菜等，就是间接地为牧场提供牲畜所需的饲料。

1、种子的外观不同。裸子植物：裸子植物的种子是裸露的，外部没有果皮包裹，例如松树的种子。被子植物：被子植物的种子外部是有果实包裹的，例如桃子等水果的种子就是被果肉包裹的。

2、种子的胚不同。裸子植物：种子的胚具有2至多个子，不形成果实。被子植物：种子的胚具有1或2个子叶，要形成果实。